Zpracování vzorku
Mikrobiologie je věda zabývající se mikroorganismy, tedy prokaryota, jednobuněčná eukaryota, viry, priony... Vzhledem k velikosti virových a subvirových částic se budu zabývat pouze mikrobiologií na úrovni buňky. Chceme-li připravit preparát takto drobné jednotky, je zapotřebí určitých kroků a vybavení.
Při přípravě preparátů a pozorování eukaryot je zapotřebí postup přípravy přizpůsobit danému vzorku. Zpravidla lze takové vzorky sledovat neobarvené, nefixované - v nativním preparátu. V případě přípravy trvalého preparátu je fixace nutná a vzhldem k destrukčním vlastnostem metody fixace suchým teplem (v nesvítivé části plamene) je lepří volit fixaci chemickým činidlem. Barvení je možné v případě drobných jednobuněčných eukraryot jako jednobuněčné houby. V případě dostatečně jemného barvení (methylenová modř) dojde ke zvýraznění struktury buňky. V případě přebarvení nebo použití výrazného barviva (karbolfuchsin) však dojde k zastření detailů. Pozorovat jde pohodolně při zvětšení 400 x, není tedy zapotřebí imerzní objektiv.
V případě přípravy preparátů prokaryot si již s běžnou výbavou nevystačíme. Pojmem prokaryota je myšlena většina zástupců této množiny, a sice bakterie. Vzorek bakteríí je zapotřebí někde odebrat. Tato fáze nebývá problematická, protože bakterie se nacházejí takřka všude. Nicméně vzhledem k nízké koncentraci bakterií při odběru by v preparátu nebylo dostatek pozorovatelného materiálu a v mnoha případech by navíc byl znečištěn. Z toho důvodu se odebrané bakterie většinou očkují na živné půdy a následně se kultivují. V ideálních podmínkách (živiny, teplo), dojde k pomnožení bakterií, které tím vytvoří kolonie. Z těchto kolonií lze již bez problému odebrat dostatečně koncentrovaný a čistý vzorek k přípravě preparátu.
Jelikož bakterie samy o sobě nejsou v mikroskopu dostatečně barevně odlišitelné, je nutné volit některou metodu barvení, kterým dojde k zvýraznění buněk. Před tímto krokem je nezbytná fixace vzorku. Jelikož jsou bakterie malé a destrukční účinek tepla není tak výrazný, používá se s úspěchem fixace suchým teplem. Fixace chemickým prostředkem je možná, ale zbytečně celý postup komplikuje.
Po obarvení je možné bakterie již pozorovat, a to za použití zvětšní 1000 x, tedy za použití imerzního objektivu. Další možností je vytvoření trvalého preparátu, kdy již pouze preparát zamontujeme do vhodného média.
Jelikož jsou všechny popsané postupy poměrně rozsáhlé a náročné, budou o nich zlvášť napsány články.